O CAPP está estruturado em 5 grupos de investigação, complementares e interligados entre si, que contribuem para informar e melhorar o desenvolvimento de políticas públicas. Estes grupos de investigação são estruturas administrativas que permitem a gestão dos processos e dos projetos de investigação, assim como, a atribuição de recursos às atividades dos investigadores.

Posto isto, os objetivos gerais dos grupos de investigação são:

1. Desenvolver projetos de investigação que estimulem o diálogo entre a teoria, os estudos conceptuais e a investigação empírica, com a devida ligação aos programas doutorais do ISCSP;

2. Produzir conhecimento e aumentar o seu impacto científico através de publicações em revistas internacionais indexadas e com elevado fator de impacto nas áreas de Políticas Públicas, Política Social, Administração Pública, Sociologia & Ciência Política, Ciência Política & Relações Internacionais, Ciências Sociais, Serviço Social,  adotando uma abordagem predominantemente comparativa e multidisciplinar;

3. Formar e consolidar equipas científicas capazes de desenvolver projetos de investigação complexos, integrar redes de investigação internacionais, participar em eventos científicos relevantes e candidatar-se a processos competitivos de financiamento da investigação;

4. Formar e integrar estudantes de doutoramento num ambiente que favoreça o desenvolvimento de investigação inovadora, procurando alinhar a sua investigação com eixos temáticos prioritários e projetos de investigação em curso no CAPP;

5. Promover o envolvimento e a divulgação junto dos públicos. Ao organizarem e participarem em eventos científicos, académicos e de divulgação relevantes, os grupos de investigação desempenham um papel fundamental na comunicação eficaz dos resultados da investigação a diversos públicos, onde se incluem decisores políticos, profissionais, órgãos de comunicação social e o público em geral. Podem também desenvolver estratégias para envolver as partes interessadas nos debates sobre investigação e políticas públicas;

6. Colaborar na concretização do Plano Estratégico do CAPP para 2025-2029.